Esta línea está orientada al desarrollo sostenible de la agricultura, seguridad alimentaria y prosperidad social. Los objetivos se centran en estudios sobre fitoplasmas en cultivos agrícolas y plantas silvestres, enfermedades emergentes y re-emergentes y su relación con fitoplasmas en infecciones sencillas y mixtas con otros patógenos vasculares, eco-eficiencia en el uso de aguas residuales provenientes de la acuicultura para el establecimiento de plantaciones hidropónicas orgánicas, plagas potenciales en sistemas de producción vegetal, virus, viroides, infecciones begomovirales mixtas, enfermedades abióticas, nematodos, poblaciones microbianas en sistemas acuaponicos, fitosanidad en cardones y otras especies de cactáceas, viricidas, hongos fitopatógenos, control biológico, inductores bióticos y abióticos de resistencia en plantas y hongos micorrizícos.

La Línea Estratégica Agrotecnología y Recursos Energéticos es una línea agropecuaria multidisciplinaria cuyos objetivos se centran en estudios de respuesta al estrés salino en plantas de interés agronómico y su relación con la tolerancia a factores adversos, la fisiotecnia y prácticas agronómicas de cultivos alternativos e hidropónicos en sistemas de acuaponía como recursos fitogenéticos potenciales para las zonas áridas y semiáridas. La sección de nanociencias se encarga del diseño y desarrollo de nanoestructuras para su uso como nanobiosensores, nanofertilizantes, nanopesticidas, nanofungicidas y como vehículos de transporte para biomoléculas y biofármacos (nanovacunas). Además, se desarrollan estudios inmunológicos de vacunas, probióticos e inmunoestimulantes experimentales como alternativas de prevención de enfermedades en animales de interés pecuario.

Esta línea está enfocada en el principal factor limitante en zonas áridas, la disponibilidad de agua, por lo que los proyectos y estudios están dirigidos al manejo integrado de las cuencas, acuíferos y humedales, los cuales son puntos clave como indicadores de sustentabilidad hidroambiental y socioeconómica para las regiones áridas. El suelo juega un papel crucial en el reparto del agua en el ciclo hidrológico, en la actividad microbiológica, en la germinación de las semillas y en el desarrollo de las plantas, por lo que los estudios de estrés hídrico y salino son una prioridad para generar la sustentabilidad en la producción agrícola de la región.

Esta línea está focalizada en la recuperación de germoplasma nativo de México con énfasis en de zonas áridas, estudia la conservación y uso de plantas, genes y microorganismos con potencial biotecnológico. Las zonas áridas se caracterizan por guardar germoplasma capaz de resistir temperaturas extremas y poca agua, por lo que el conocimiento de ciencia básica sobre el germoplasma nativo y los mecanismos moleculares de reconocimiento planta-microorganismo-medio ambiente se vuelve crucial para combatir los efectos del cambio climático del mundo. Nuestro grupo, estudia la adhesión selectiva de bacterias benéficas a las plantas lo cual ha permitido proponer el uso de inoculantes microbianos para mitigación de estrés de zonas áridas, al mismo tiempo que disminuye el uso de contaminantes por fertilización química. Igualmente contamos con bancos de germoplasma regional y líneas elite de plantas de interés como hierbas aromáticas y chile chiltepín que representan retos comerciales de manejo agronómico por su potencial mercado.