La línea estratégica de Agricultura Orgánica realiza investigación para optimizar los recursos naturales en la cadena agroalimentaria. Sus objetivos incluyen identificar retos y oportunidades para posicionar la agricultura orgánica como una alternativa regional que contribuya a la seguridad alimentaria, el desarrollo rural sostenible y la reducción de la pobreza mediante innovaciones pertinentes que fortalezcan la resiliencia del sector agropecuario en zonas áridas.

Las actividades se centran en la investigación vinculada al desarrollo de tecnologías propias para el monitoreo y manejo de variables clave en los esquemas de producción agrícola y pecuaria. Además, se fomenta la sustitución de agroquímicos y fertilizantes sintéticos por biofertilizantes y fertilizantes de origen natural, así como la adopción de sistemas automatizados de fertirrigación, promoviendo prácticas eficientes y alineadas con los principios de la agroecología.