Esta línea de investigación está orientada al estudio, conservación y aprovechamiento de plantas, microorganismos y genes originarios de las regiones áridas del país con potencial biotecnológico.

Se prioriza, el rescate, la recuperación y mejoramiento de germoplasma nativo con capacidad de resistir condiciones ambientales extremas, lo que permite realizar estudios de ciencia básica para comprender los mecanismos moleculares de interacción entre planta, microorganismos y ambiente. Estos conocimientos están encaminados a combatir los efectos del cambio climático a nivel global.

Además, se investigan las interacciones planta-microorganismos, principalmente de bacterias benéficas a plantas de interés comercial, con el objetivo de desarrollar mejoras en los procesos agrícolas que mitiguen el estrés, reducen el uso de fertilizantes químicos permitiendo la conservación sostenible de los recursos naturales como el suelo y el agua.

En este marco, se han establecido colecciones de referencia in vivo, bancos regionales de germoplasma y líneas élite de plantas de interés. Por ejemplo, el chile chiltepín, especie nativa de las zonas áridas que es estudiada por su diversidad, domesticación y manejo agronómico, dado su alto potencial para la comercialización.